Hiện tại Viện đã thành lập Hội đồng Chứng minh Phiên dịch do Đức Trưởng lão HT.Thích Phổ Tuệ, Pháp chủ HĐCM đứng đầu, cùng chư tôn đức Phó Pháp chủ HĐCM. 

Hội đồng Chỉ đạo có 4 thành viên do HT.Thích Thiện Nhơn, Chủ tịch HĐTS đứng đầu. HT.Thích Giác Toàn, Phó Chủ tịch HĐTS, Viện trưởng Viện nghiên cứu làm Trưởng ban Biên tập và Ấn hành.

Bên cạnh đó, có 11 trung tâm trực thuộc Viện: Trung tâm Phiên dịch Hán Nôm Huệ Quang, Trung tâm Dịch thuật Trí Tịnh, Trung tâm Nghiên cứu Pali học, Trung tâm Nghiên cứu Phật học Hán truyền, Trung tâm Nghiên cứu và ứng dụng thiền học Bắc truyền, Trung tâm Nghiên cứu và ứng dụng thiền học Nam truyền, Trung tâm Nghiên cứu Văn học Phật giáo, Trung tâm Nghiên cứu Phật giáo Việt Nam, Trung tâm Nghiên cứu Nữ giới Phật giáo, Trung tâm Phiên dịch Phật học Anh - Việt, Trung tâm Nghiên cứu Tôn giáo, Phân viện Nghiên cứu Phật học Việt Nam tại Hà Nội, Phân viện Nghiên cứu Phật giáo Nam tông Khmer; 2 ban gồm Tài chánh và In ấn - Phát hành.